La Capilla del antiguo Convento del Corpus Christi, de la Orden Franciscana, fue fundado por el Almirante Don Alonso Jofre Tenorio y su mujer Dona Elvira Álvarez, primeros señores de Moguer, en el año 1337, para frailes de la primitiva Regla Seráfica, roformado para la Observancia, fu ransformado poco después en hospital de beneficencia, refundiéndose en 1515 con los antiguos hospitales medievales de San Esteban y Santa María, existentes en la Villa, dotándose su fundación, por vía testamentaria, en 1518, por Don Pedro Portocarrero VIII, Señor de Moguer, quien lo dotó de mayordomo, casero, enfermero y dos capellanes así como de rentas para su mantenimiento.

De su arquitectura original queda su capilla mayor, con su bóveda de crucería gótica y sus muros originalmente horadados por ventanas ojivales, así como el gran muro del lado de la Epístola de la única nave y la primitiva espadaña. Dicho conjunto constituye en monumento más antiguo de Moguer.

La galería de acceso y demás dependencias son frutos de posteriores reformas, siendo la más importante la de 1552. La fachada atribuida a Aníbal González, es de 1915, formando unidad con la de la Estación Enológica (hoy Teatro Felipe Godínez), construida en dicha fecha y restaurada en 1992 conjuntamente con la Capilla.

En la actualidad su apertura y mantenimiento está a cargo de la Franciscana Hermandad del Santísimo Cristo de la Vera+Cruz que gracias al convenio suscrito con la Parroquia de Nuestra Señora de la Granada, el 3 de marzo de 1997, posteriormente renovado el 17 de diciembre 2005 ampliando su cesión a 50 años, renovables cada 5 una vez expire dicha fecha,  para luego ser refrendado por resolución de la Vicaría General del Obispado de Huelva el 21 de mayo de 2012.

Dicho edificio tras, las obras de restauración, adecuación y embellecimiento por parte de la Hermandad de la Vera+Cruz, fue bendecido el 25 de octubre de 2013 a las 18:00h por Monseñor D. José Vilaplana Blasco, Obispo de Huelva.